A Sociedade Catarinense de Pediatria possui 32 Departamentos Científicos que atuam em diferentes áreas do conhecimento. Coordenados pela Diretoria de Departamentos Científicos, produzem Publicações e Pareceres Técnicos, auxiliando os pediatras catarinenses no cuidado de seus pacientes.
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- ADOLESCÊNCIA (Presidente: Gianny Cesconetto)
- ALEITAMENTO MATERNO (Presidente: Maria Beatriz Reinert do Nascimento)
- ALERGIA (Presidente: Helena Maria Corrêa de Sousa Vieira)
- BIOÉTICA (Presidente: Nelson Grisard)
- CARDIOLOGIA (Presidente: Isabela de Carlos Back)
- DERMATOLOGIA (Presidente: Marice Emanuela El Achkar Mello)
- EMERGÊNCIAS E CUIDADOS HOSPITALARES (Presidente: Paola Marian Bridi)
- ENDOCRINOLOGIA (Presidente: Marilza Leal Nascimento)
- GASTROENTEROLOGIA (Presidente: Luciana dos Santos Célia Fossari)
- GENÉTICA (Presidente: Pricila Bernardi)
- HEMATOLOGIA (Presidente: Tulio Eugênio Malburg)
- HEPATOLOGIA (Presidente: Nilza Maria Medeiros Perin)
- IMUNIZAÇÕES (Presidente: Sônia Maria de Faria)
- IMUNOLOGIA CLÍNICA (Presidente: Gustavo Soldateli)
- INFECTOLOGIA (Presidente: Marcos Paulo Guchert)
- MEDICINA PALIATIVA (Presidente: Lizana Arend Henrique)
- NEFROLOGIA (Presidente: Nilzete Liberato Bresolin)
- NEONATOLOGIA (Presidente: Lissandra da Silva Mafra Andújar)
- NEUROLOGIA (Presidente: Júlio Amaro de Sá Koneski)
- NUTROLOGIA (Presidente: Ana Paula Aragão)
- ONCOLOGIA (Presidente: Denise Bousfield da Silva)
- OTORRINOLARINGOLOGIA (Presidente: Rosana Cristine Otero Cunha)
- PEDIATRIA AMBULATORIAL (Presidente: José Eduardo Coutinho Góes)
- PEDIATRIA DO DESENVOLVIMENTO E COMPORTAMENTO (Presidente: Cláudia Maria de Lorenzo)
- PNEUMOLOGIA (Presidente: Jorge Alberto Hazim)
- REUMATOLOGIA (Presidente: Fabiane Mitie Osaku)
- SAÚDE ESCOLAR (Presidente: João Carlos Xikota)
- SEGURANÇA INFANTIL (Presidente: Luciana Hammes)
- SONO (Presidente: Thiago Demathé)
- SUPORTE NUTRICIONAL (Presidente: Mônica Lisboa Chang Wayhs)
- TERAPIA INTENSIVA (Presidente: Ana Camila Flores Farah)
- TOXICOLOGIA (Presidente: Fabíola de Moura Cremonese de Mello)